מבקר המדינה העריך את עלות פרויקט התיעוד החכם בכמיליארד ש”ח (עמ’ 32, פיסקה שניה מהסוף). מתוכם, עלות הנפקת התעודות עצמן כ-270 מיליון ש”ח, והשאר מיועד להקמת מערך האיסוף, הקמת המאגר הביומטרי ומימון הרשות לניהולו. אולם, ניסיון העבר מראה שהערכות עלות של פרויקט טרם תחילתו נוטות לאופטימיות קיצונית. עלות הפרויקט הבריטי נאמדה ב-10.6 מיליארד ליש”ט (בהתאמה לישראל, מעל לחמישה מיליארד ש”ח), בטרם בוטל. השר מיכאל איתן העריך את עלות הפרוייקט ב”מיליארדי שקלים“.

פירוט התקציבים עד סוף שנת 2014 (כלומר חצי שנה לפני סיום הפיילוט) לא כולל 10 מיליון ש”ח תקציב פרסום/תעמולה ותוספות שאושרו לאחרונה:

סעיף תקציבי תעודות זיהוי חכמות
68-05-01, 68-11-03
הרשות למאגר הביומטרי
68-07, 68-11-01-18
סה”כ
עד 2010 159,976,000.00 159,976,000.00
2011 226,271,000.00 9,371,000.00 235,642,000.00
2012 142,302,000.00 9,286,000.00 151,588,000.00
2013 111,343,000.00 37,226,000.00 148,569,000.00
2014 107,667,000.00 35,662,000.00 143,329,000.00
סה”כ 747,559,000.00 91,545,000.00 839,104,000.00